土豆淀粉和木薯淀粉的区别主要在于原料不同、用途不同、食用方法不同等。
原料不同：土豆淀粉提取自土豆，而木薯淀粉则提取自木薯块根。
用途不同：土豆淀粉常用来作为食物的调味品，可以在炒菜或炖菜时加入，起到勾芡收汁的作用，也可以在炸制食物时将其裹在食物外层，从而使炸制的成品更加松脆可口；木薯淀粉遇热水后会变成透明糊状，十分有弹性，通常用作食品加工。
食用方法不同：土豆淀粉是一种纯天然制品，可以直接食用，广泛用于人们的日常烹制过程中；而木薯淀粉中含有氢氰酸，为天然毒物，只有在70℃以上的高温下才能消失，因此木薯淀粉食用前必须要加热，更多的还是用于食品加工当中。
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