区别是：普通的行程单是有形的纸质形式，而电子发票是其进一步的简化，无形。
行程单分为电子行程单和纸质行程单，由国家税务总局统一负责管理。后来的电子客票是商务初期市场化的最佳产品，摆脱了传统的物流配送环节，与纸质发票相比，减少了预定的费用，也降低了文件丢失和地址寄送错误的可能性。目前中国电子发票业务发展的很好，比例接近百分之百。
电子机票是时代发展的产物，依托现代网络技术，实现机票的买和卖等手续等全流程无纸化、信息化，给旅客带来诸多便利以及为航空公司降低成本。但对于旅客来讲，实际上它的使用与传统纸质机票其实并无差别。
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