药品回扣最早出现于1980年代末-1990年代初；1995年前后开始兴起，此后愈演愈烈，逐渐成为全国性、行业性以及潜规则化。药品回扣和医材回扣（比药品回扣更恶劣、更隐蔽）是造成“看病贵”的两大主要直接原因，同时严重危害医务人员的道德良心和病人的生命安全。
形成机制
国家卫生计生委曾经发出相关禁令，提出“不准将医疗卫生人员个人收入与药品和医学检查收入挂钩”“不准开单提成”。三令五申之下，违规行为仍难禁绝。
国家减少对医院的投资（医院市场化，企业化管理）——医院要生存、要发展——以药养医（通过药品获得最大利润）——药厂提供最大利润给医院——药品成本提高——药厂无序竞争——回扣产生与增加——把负担转嫁给病人和社会。
回扣流程
（1）药品生产企业虚定药品价格，其虚定药品价格往往是其实际出厂价的5倍以上，并且这种虚定药品价格最终得到国家物价部门的核准，并以物价部门的红头文件下发。
最先这种虚高定价出现在进口药合资药上，后来引发国产新药的"跟风"，许多国产药也纷纷改变其剂型名称规格，改头换面为"新药"，然后大大抬高其价格。
（2）招募药品代理商或药品推销商，即医药公司和医药代表。
（3）医药代表用金钱打通医院药品管理者（包括院级分管领导和药剂科领导），回扣药品顺利进入医院药房。
（4）回扣药品进入病人手中，最终还需医生手中的笔和处方，用回扣打通医生是医药代表的最后程序，给医生的回扣一般是药品零售价的20%左右（一般由医院药剂科或其他渠道统计出每位医生的开药数量并给药物代表，医药代表据此决定给医生回扣数额）。
回扣根源
医药回扣问题的根源，在于我国现行的极度畸形的医疗卫生管理体系：
①医疗领域的中国特色的市场化，对医疗市场的行政垄断和价格管制；
②把很多政府应负的责任完全抛开；
③以药养医；
④让“回扣”作为“灰色收入”成为医生收入的必要补充。
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