杂交育种这个技术一百年以前就有了。但是水稻通常被认为是不好杂交的。
稻花是两性花，每朵花里面既有雄蕊又雌蕊，它是自体授粉，而且稻花没有什么花香，花朵也不大，花小又自授粉，杂交起来特别不方便，非要人工帮忙难度太大，小规模做实验还行，但大规模生产就不行了。尽管杂交这个技术是老技术，技术不新，难度也不大。当时世界上除了中国，日本跟美国都有研究，也都做出了杂交水稻，但因为水稻花朵小、自授粉这个特点，都无法做到大面积应用。
这时候，历史的机遇落到了袁隆平的身上，在1964年，袁隆平发现了几株雄花天生不育的野生水稻，等于有一种水稻是天生的雄性功能丧失，那自然就无法自我授粉，这时候人就可以对它进行人工干预。袁隆平研究以后，就写了一篇论文《水稻雄性不孕性的发现》。
这个可以说是中国杂交水稻工作的奠基性论文，为中国杂交水稻的发展指明了方向。
接下来，就是发现可以用的雄花不育的稻种，因为就算雄花不育，也不是每个都可以用的。
到了1970年，袁隆平的两个学生李必湖和冯克珊在海南崖县一处铁路旁边的沼泽中发现一株天然雄性不育的野生水稻， 这一株被命名为野败，野生的雄性败育稻。
这一株野败成为了可以育种的不育系，袁隆平依此提出了“不育系”、“恢复系”和“保持系”的三系法杂交水稻技术路线，并在三年后，验证这是一条可行的道路。中国的杂交水稻，绝大多数都可以追溯到野败身上。
袁隆在杂交水稻上走出了一条路，后面有更多育种专家在上面进行研究，培育了更多的品种，很多品种都超过了袁隆平培育的品种。但这条路是袁隆平走出来的，所以他被称为杂交水稻之父。
而且这条路也没有止境，就是袁隆平本人也没有停止研究，他终其一生都在研究各种杂交水稻，比如研究适合盐碱地的水稻。因为他一直处于研究的中心，杂交水稻的研究又是围绕他的方向建立的，他当然对中国水稻杂交贡献最大。
关于转基因
袁隆平对转基因的看法是分两种，一种是提高产量的，比如把玉米的基因转到水稻上来，是为了提高产量，玉米水稻都是可以吃的，目标也是为了吃，那问题不大，但有一种是抗虫病的。它的基因来自毒蛋白基因，虫吃了会死，人吃了会不会有影响这个要慎重。袁隆平对转基因不是无条件支持，也不是全盘否决。
还有人说杂交水稻不好吃。确实有些品种的杂交水稻不好吃，但杂交水稻产生的最初动力不是为了好吃，而是为了够吃，如果你够吃都不够吃，谈好吃有什么用呢？经历过大饥荒年代的人，会告诉你饿的时候，连草都是好吃的。
够吃是国家战略安全，好吃是市场需求。够吃是基础，好吃是扩展。只谈好吃不谈够吃，那就是何不食肉糜的思想。
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