漠河和黑河主要是地理位置上的不同，黑河地处黑龙江省北部，北邻中国最北端的大兴安岭地区，是我国纬度最高的地区之一，而漠河县位于大兴安岭北麓，黑龙江上游南岸，在祖国的最北端。它们还有气候上的不同，黑河气候受大陆性季风的影响，夏季温和短暂、冬季寒冷漫长，漠河常年寒冷如冬，夏季只有半个月左右。
漠河是大兴安岭地区辖县级市，漠河是国内无污染的天然净土之一，是国家生态安全重要保障区、黑龙江省生态功能保护区。
黑河市历史悠久。据考古证明，早在旧石器时期就有人类在此地活动，形成本地古代土着民族的基础。
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